Struktura dokumentu została dostosowana do wzoru komisyjnego, według podręcznika przygotowanego przez Ministerstwo Rozwoju Regionalnego. W tabelach finansowych uwzględniono dodatkową pulę środków na Zintegrowane Inwestycje Terytorialne oraz Obszary Strategicznej Interwencji.

Główne zmiany w stosunku do drugiej wersji Programu w ramach EFRR to: 

• Priorytety II, IV i V - rozszerzono katalogi beneficjentów;
• Priorytet V - zostało zaprogramowane wsparcie gospodarki wodno-ściekowej w ramach ZIT;
• Priorytet V - zostało zaprogramowane wsparcie z zakresu skutecznej i efektywnej pomocy mieszkańcom regionu w sytuacjach wystąpienia klęsk żywiołowych w ramach wyposażenia jednostek ochotniczej staży pożarnej w sprzęt niezbędny do przeciwdziałania i usuwania skutków klęsk żywiołowych;
• Priorytet VI - zostało rozszerzone wsparcie o modernizację linii kolejowych.

Główne zmiany w stosunku do drugiej wersji Programu w ramach EFS to:

• doprecyzowano katalogi beneficjentów i grup docelowych;
• Priorytet VII i VIII - uwzględniono ścieżkę pozakonkursową;
• Priorytet XI - zmiana koncentracji tematycznej.

Projekt - równocześnie z jego upublicznieniem - zostaje przekazany do zaopiniowania do Ministerstwa Rozwoju Regionalnego.